Na zijn studie milieutechnologie is Johannes Boonstra in 1992 in dienst getreden bij Paques B.V. te Balk.
Bij Paques heeft Boonstra als achtereenvolgens onderzoeker, technoloog en business development manager bijgedragen aan de ontwikkeling en marktimplementatie van nieuwe (bio)technologieën op het terrein van o.a. metalenterugwinning en H2S-verwijdering.
Wetsus
In 2003 is Boonstra aangesteld als lid van de raad van bestuur van Wetsus, European centre of excellence for sustainable water technology. Binnen Wetsus werken meer dan 100 bedrijven en 22 universiteiten samen aan de ontwikkeling van duurzame technologie voor de behandeling en beschikbaarheid van water. Als zakelijk directeur is Boonstra o.a. verantwoordelijk voor de organisatorische, IP, juridische en financiële aspecten van deze organisatie. Boonstra werkt hierin nauw samen met Cees Buisman, het andere lid van de Wetsus RvB.
Drijvende kracht
Boonstra is verder een van de drijvende krachten achter de ontwikkeling van en samenwerking op WaterCampus Leeuwarden. Bovendien is hij actief in verschillende adviesraden en bestuurlijk betrokken bij landelijke en regionale organisaties op het terrein van o.a. watertechnologie, talentontwikkeling, start-ups, economische ontwikkeling en marketing.